重庆医药自贡有限责任公司始建于1955年的原国有企业自贡市中药材公司，1998年改制为四川省自贡市药业有限公司，2001年9月与重庆医药(集团)股份有限公司控股重组，更名为重庆医药自贡有限责任公司，同时成立了负责零售的重庆和平药房自贡连锁有限责任公司。2012年6月经控股股东全收购公司原自然人持股股份后成为法人独资有限责任公司。重庆医药自贡有限责任公司是重庆医药（集团）股份有限公司的全资子公司，重庆医药（集团）股份有限公司是重庆化医集团的控股公司，重庆化医集团是国有大型企业。